淮安中山医院拥有临床医疗科室近20个，设有内科、外科、妇科、儿科、骨科、皮肤科、口腔科、中医科、肝病科、疼痛康复科、肛肠科、皮肤科等特色科室。同时设立免疫治疗中心、生殖医学中心、肝病研究中心、疼痛治疗中心，形成鲜明的四大专科特色。